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厭氧消化工藝是在斷絕與空氣接觸的條件下，依賴兼性厭氧菌和專性厭氧菌的生物化學作用，對有機物進行生物降解的過程。在適宜的溫度和pH條件下，由兼性細菌產生的水解酶類，將大分子物質或不溶性物質分解為低分子可溶性有機物，水解形成的可溶性小分子有機物被產酸細菌作為碳源和能源，最終產生短鏈的揮發酸（如乙酸），水解產生的有機酸在厭氧甲烷菌的作用下繼續降解最終產生沼氣。